原核转录组测序基于二代高通量测序平台,对原核生物的转录本(mRNA和非编码RNA)进行测序,通过构建链特异性文库,获取原核生物在某个时期或某种环境条件下的所有转录本信息,从基因序列水平和表达水平来获得原核生物在特定状态下的所有序列信息。通过高通量测序我们可以对mRNA进行表达定量分析,差异表达基因及其相应功能分析,同时还能够获得非编码 RNA(sRNAs)的信息,通过sRNAs的靶基因预测和共表达分析研究sRNAs对应的功能,揭示微生物不同表型形成的分子调控机制和功能。

由于原核生物mRNA不具有polyA尾结构,需要采用去除rRNA的方法构建文库,泓迅科技可针对不同的研究物种采取有效的方法去除rRNA,保证数据质量。

服务优势

  • 数据质量高:具有丰富的原核生物转录组测序建库经验,rRNA去除效率好,数据质量高
  • 建库稳定性好:采用链特异性建库,稳定性强,建库成功率>98%
  • 分析全面:除mRNA定量分析外,可同时进行mRNA和sRNA分析、sRNA 预测、基因结构分析、变异分析等,分析内容全面
  • 专业性强: 极强地处理复杂样本的能力,协助客户快速、高效、准确性地进行生物信息分析
  • 定制化服务:可结合客户的各种需求,提供灵活的个性化定制信息分析服务
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    技术路线

    原核转录组测序

    服务详情

    服务项目 样本类型 测序模式 送样要求
    原核转录组测序 微生物菌体(≥ 5×107),组织,环境样品,总RNA等 HiSeq 4000, PE150 建议总RNA起始量:≥3μg;浓度:≥70 ng/μL

    分析项目

    1. 原始数据处理及数据质控
    2. 参考基因组比对
    3. RNA-Seq整体质量评估:测序饱和度分析,基因覆盖度分析
    4. 基因表达水平:表达量,表达差异分析
    5. 差异基因注释:GO注释,KEGG注释
    6. 差异基因富集分析:GO、KEGG富集分析,GO富集DAG图
    7. 差异基因表达模式聚类
    8. 反义转录本预测
    9. 操纵子分析
    10. sRNA预测
    11. 变异分析

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